一、初创期（2003年—2006年） 2003年，南京市政府开展老市场搬迁规划选址工作。 2006年，市政府最终确定市场选址江宁高桥门地区。该区域处于南京主城东南角，是南京通往上海、浙江、安徽以及我省苏州、无锡、常州、镇江等地区的交通枢纽，为农副产品的进出创造了极为有利的条件。 同年8月7日，江宁区政府决定与南京农贸中心共同组建南京农副产品物流配送中心有限公司。 2006年9月正式确立了公司的标识，标识是企业的象征与精神，是企业特点的集中表现，也是视觉识别系统的核心。 2006年12月18日，南京市发改委同意规划用地3000亩，项目一次规划分两期建设。 二、建设期（2007年—2009年） 2007年1月，筹建了指挥部临时办公用房 2007年3月，在进行了长达一年的拆迁安置工作后，一期场地平整开工，进入实质性建设阶段。 三、运行初期（2009年—2014年） 2010年6月12日，经过一年试营业后，南京农副产品物流中心盛大开业！为期四天的江苏名优农副产品推介产销会也同期举行。 2011年5月24日，农副物流中心成立党总支，并于同年12月改为党委。 2011年9月，农副物流荣获“农业产业化国家重点龙头企业”称号。 2012年5月至10月，果品市场进口水果和精品水果D区以及酒店用品市场正式开业。 2013年，“众彩”商标先后被市、省工商行政管理局评为市级、省级著名商标。 四、智慧众彩打造期（2015年—） 2016年6月，国家商务部公布首批全国公益性农产品示范市场名单，农副物流成为江苏唯一一家公益性农产品示范市场。 2017年8月，农副物流荣获“江苏省对口支援青海省有功单位”荣誉称号。 2019年3月，农民日报发布2017年度农业产业化龙头企业500强排行榜单，农副物流以农产品年交易额505亿元的规模，首次进入“中国农业产业化龙头企业500强”前10名，这也是江苏本土农业产业化龙头企业首次进入榜单10强。 2019年10月23日下午，市民中心剧场隆重举办了庆祝中华人民共和国成立70周年暨南京农副产品物流中心开业10周年职工文艺汇演。 十年来，众彩累计实现交易额超过3300亿元 ，累计实现交易量突破8000万吨，年均增幅超过16%，先后荣获国家级荣誉超过30项，荣获省市级荣誉超过100项，完成冬季保供蔬菜累计超过20万吨，累计检测农副产品超过300万批次，累计接待国内外考察团超2000批次，品牌价值突破40亿元
2009年，南京白云亭、农贸中心、应天水产等七家农副产品批发市场按期迁入，蔬菜市场、果品市场、副食品市场交易区试营业。
